Село известно с 1602–1603 гг. как деревня Кучюковская. В дореволюционных источниках упоминается также под названием Кучукова Пустошь.

В XVIII – первой половине XIX в. жители относились к категории государственных крестьян. Основные занятия жителей в этот период – земледелие и скотоводство, были распространены валяльно-войлочный промысел, торговля, обслуживание проезжающих по Сибирскому тракту из Казани в направлении Малмыжа и Елабуги.

В начале ХХ в. здесь функционировали 3 соборные мечети (1854, 1849 и 1911 гг.), 3 медресе, цех по производству валенок, торговые лавки и постоялые дворы.

В конце XIX в. земельный надел сельской общины составлял 2551,7 десятин.

До 1920 г. село входило в Нослинскую волость Малмыжского уезда Вятской губернии. С 1920 г. в составе Арского кантона ТАССР. С 10 августа 1930 г. в Тюнтерском, со 2 марта 1932 г. в Балтасинском, с 4 августа 1938 г. в Ципьинском, с 16 июля 1958 г. в Балтасинском, с 1 февраля 1963 г. в Арском, с 12 января 1965 г. в Балтасинском районах.

Ныне центр Шишинерского сельского поселения.

В 1933 г. в селе организован колхоз «Кызыл Шишинер» (первый председатель – Х.Шайхутдинов), в 1935 г. – колхоз имени Буденного, с 1958 г. в составе колхоза имени Ильича, с 1963 г. – колхоза «Маяк», с 1995 г. сельскохозяйственного производственного кооператива «Маяк», с 2003 г. ООО «Маяк».

Жители работают преимущественно в ООО «Маяк», занимаются полеводством, молочным скотоводством.

В 1919 г. в селе открыта начальная школа, в 1930 г. преобразована в семилетнюю, в 1933 г. – в начальную, в 1941 г. – в семилетнюю, в 1942 г. – в начальную, в 1944 г. – в семилетнюю, в 1945 г. – в начальную, в 1951 г. – в семилетнюю, в 1957 г. – в начальную, в 1988 г. – в среднюю, в 2011 г. – в неполную среднюю (в 1988 г. построено новое здание).

В селе действуют дом культуры, детский сад (с 1980 г.), фельдшерско-акушерский пункт, библиотека, мечеть (с 1997 г.).

Известные уроженцы

Ш.Х.Хусаинов (1878 – после 1927 г.) – общественный деятель, депутат Первой Государственной думы (1906 г.) от Вятской губернии.

Число жителей

В 1782 г. – 150 душ мужского пола;
1859 г. – 976,
1884 г. – 1394,
1905 г. – 1510,
1926 г. – 1725,
1938 г. – 1355,
1949 г. – 756,
1958 г. – 592,
1970 г. – 640,
1979 г. – 528,
1989 г. – 519,
2002 г. – 501,
2010 г. – 511,
2015 г. – 497 человек (татары).