Село основано в 1758 г. ясачными татарами деревни Агрыз.

В XVIII–XIX вв. жители относились к категориям тептярей и государственных крестьян. Основные занятия жителей в этот период – земледелие и скотоводство.

По сведениям 1859 г., в Агерзе действовала мечеть.

В начале ХХ в. в селе функционировали 2 мечети (первая закрыта в 1932 г. (здание передано школе), вторая – в 1939 г.), 2 мектеба, 2 водяные мельницы.

В этот период земельный надел сельской общины составлял 1498 десятин.

До 1920 г. село входило в Азнакаевскую волость Бугульминского уезда Самарской губернии. С 1920 г. в составе Бугульминского кантона ТАССР. С 10 августа 1930 г. в Тумутукском, с 30 октября 1931 г. в Азнакаевском, с 1 февраля 1963 г. в Альметьевском, с 12 января 1965 г. в Азнакаевском районах.

Ныне центр Агерзинского сельского поселения.

В 1931 г. в селе организован колхоз «Берек» (первый председатель – Ш.Хайруллин). В 1949 г. в его состав вошел колхоз «Новая жизнь» (деревня Монашкино), в 1960 г. – колхозы «Серп и молот» (деревня Тимашево), «Путь Ленина» (деревня Зверевка), «Пролетариат» (деревня Обдовка). В 1967 г. колхоз «Берек» переименован в колхоз «50 лет Октября». В 1971 г. в его состав вошел колхоз «Марат», в 1997 г. он отделился. С 1997 г. сельскохозяйственный производственный кооператив «Агерзе».

Жители работают преимущественно в фермерских хозяйствах, на предприятиях города Азнакаево, в нефтяной отрасли; занимаются полеводством, молочным скотоводством, свиноводством.

На территории села на средства нефтяников обустроено 6 родников.

Действуют детский сад «Чишмакай», фельдшерско-акушерский пункт, библиотека (размещены в здании бывшей школы), дом культуры (здание построено в 1969 г.). В 2001–2009 гг. работала средняя школа, до 2012 г. – начальная. В 2005 г. построена мечеть.

Известные уроженцы

Е.П.Калинина (р. 1929 г., уроженка исчезнувшей деревни Холмовка, располагавшегося недалеко от Агерзе) – педагог, отличник народного просвещения РФ, отличник просвещения СССР;

Р.Н.Якупов (р. 1957) – заслуженный нефтяник РФ.

Число жителей

В 1795 г. – 190 душ мужского пола;
1859 г. – 425,
1897 г. – 894,
1926 г. – 913,
1938 г. – 1072,
1949 г. – 680,
1958 г. – 582,
1970 г. – 659,
1979 г. – 618,
1989 г. – 472,
2002 г. – 521,
2010 г. – 513,
2015 г. – 476 человек (татары).