Образована в 1958 г.

Название менялось: в 1958–1964 гг. «Искра», в 1965–1991 гг. и с 1993 г. «Рубин», в 1992–1993 гг. «Рубин-Тан» при Казанском авиационном производственном объединении, с 1995 г. муниципальное учреждение «Футбольный клуб «Рубин».

В 1958–1965 гг. в классе «Б» чемпионата РСФСР, в 1966–1969 гг., 1972–1974 гг., 1978–1991 гг. во 2-й лиге, в 1970–1971 гг., 1975–1977 гг. в 1-й лиге чемпионата СССР, в 1992–1993 гг. в 1-й, в 1993–1997 гг. во 2-й лиге; в 1998–2000 в 1-м дивизионе, с 2003 г. в Премьер-лиге чемпионата России.

• Н.И.Сентябрёв (1959–1971 гг.),
• А.А.Берючевский (1978–1980 гг.),
• В.А.Михайлов (1981–1987 гг.),
• А.А.Семёнов (1988 г.),
• Р.Г.Наврозов (1989 г.),
• М.В.Задикашвили (1989–1995 гг.),
• И.В.Золотухин (1990–1991 гг.),
• А.В.Ивченко (1992 г.),
• В.А.Лукашенко (1993 г.),
• И.С.Волчок (1996–1998 г.),
• М.Раданович (май 1998 г.),
• А.С.Ирхин (с июня 1998 г.),
• П.Ф.Садырин (1999 г.),
• В.П.Антихович (2000–2001 гг.),
• А.Д.Афонин (июль 2001 г.),
• К.Б.Бердыев (2001–2013 гг.),
• В.А.Маминов (январь – май 2014 г.),
• Р.С.Билалетдинов (февраль – сентябрь 2015 г.),
• В.А.Чалый (2014 г., 2015–2016 гг.),
• Х.Грасия (2016–2017 гг.),
• К.Б.Бердыев (2017–2019 гг.),
• Э.Докампо (июнь – декабрь 2019 г.),
• Л.В.Слуцкий (с 2019 г.). 

Наивысшие достижения команды достигнуты под руководством К.Б.Бердыева:

• победитель 1-го дивизиона России (2002 г., выход в Премьер-лигу),
• бронзовый призер (2003 г.), победитель (2008 г., 2009 г.) чемпионатов России,
• финалист Кубка России (2008–2009 гг.),
• обладатель Кубка Ла Манга (2005 г., 2006 г.).

Участник европейских турниров: Кубка УЕФА (2004–2005 гг., 2006–2007 гг.), Кубка Интертото (2007 г.), Лиги чемпионов, Лиги Европы УЕФА (2009–2010 гг.).

Обладатель суперкубка России (2010 г., 2012 г.), кубков Дружбы (2010 г.) и России (2012 г.).

Макаров А.Д. «Рубин» (Казань): История и статистика. 1958–2000. Казань, 2001.