Открыт в 1998 г. Учредители – Совет муфтиев России, Духовное управление мусульман Республики Татарстан, Институт истории имени. Ш.Марджани Академии наук Республики Татарстан.

Создан для подготовки духовных лиц, преподавателей мусульманских учебных заведений и др. специалистов со светским высшим образованием.

В составе университета – отделения теологии, лингвистики (арабский и английский языки), мировой экономики, журналистики.

На факультете теологии обучение осуществляется по государственным стандартам Российской Федерации, выдаются дипломы государственного образца.

Преподавание ведется на русском, татарском и арабском языках.

На 2015/16 учебный год – свыше 1200 студентов из Республики Татарстан из 38 регионов Российской Федерации, в том числе 400 девушек; педагогический коллектив – 80 человек, в том числе 8 докторов и 28 кандидатов наук.

Среди преподавателей религиозных дисциплин – российские специалисты, получившие образование в исламских университетах Египта, Турции, Иордании, Малайзии, Сирии и др. стран. Для чтения специальных курсов приглашаются ведущие ученые-востоковеды из научных учреждений и вузов Казани, Москвы, Санкт-Петербурга.

Первым ректором был муфтий Республики Татарстан Г.Исхаков (1998–2005 гг.); в 2005–2006 гг. И.К.Загидуллин, с 2006 г. – Р.М.Мухаметшин.