Основан в 1863 г. как учебно-научный музей на кафедре патологической анатомии.

Первый музей, имевший отношение к медицине, был создан в начале III в. до н. э. в Александрии. Позднее наиболее известностью пользовался анатомический музей голландского врача и анатома Ф.Рюиша в Амстердаме. В 1719 г. была открыта Петербургская кунсткамера, с этого времени началась история отечественных медицинских музеев.

Начало казанской коллекции было заложено А.В.Петровым (первый заведующий кафедрой), который прошёл стажировку по музейному делу в университетах Германии и собственноручно изготовил более 100 препаратов. В 1865 г. для музея было выделено специальное помещение в Анатомическом театре университета. В 1930 г. после преобразования медицинского факультета Казанского университета в Медицинский институт музей вместе с кафедрой патологической анатомии был переведён в учебное здание на ул. Толстого.

В фондах музея хранится свыше 2 тыс. экспонатов: учебные макропрепараты по общей и частной патологической анатомии и препараты редких, уникальных случаев патологии органов, представляющих интерес для врачей всех специальностей. Экспонаты отражают показатели заболеваемости и смертности в Казанской губернии и Татарстане. В фондах имеются препараты исчезнувших и редко встречающихся болезней (проказа, оспа, чума, сибирская язва, сыпной тиф, холера и др.). Широко представлены препараты, отражающие запущенные формы недугов: инфильтративноязвенный рак кожи лица с прорастанием в кости лицевого черепа, фибромиома матки весом 30 кг, папиллома кожи в диаметре 15 см, камень мочевого пузыря весом 200 г, опухоль кисти весом 6 кг, гигантская остеосаркома большеберцовой кости с прорастанием мышц и кожных покровов, нома (влажный некроз мягких тканей лица) при кори и др. Уникальна коллекция врождённых уродств: «циклоп» с одним глазом посередине лба, «сирена» со сросшимися наподобие рыбьего хвоста нижними конечностями, «ихтиоз»— рыбья чешуя (кожа человека покрыта чешуйками без пор) и др. Среди экспонатов имеются редкие и необычные случаи: «каменный плод»— покрытый известью младенец, обнаруженный во время вскрытия трупа 69-летней женщины; препараты всех форм туберкулёза — от первичного до распространённого с поражением всех органов; более 30 аномальных сердец с различной сердечно-сосудистой патологией; макропрепараты субъекта, умершего от третичного сифилиса.

Кафедра патологической анатомии многие годы занимается проблемами онкологии — в музее хранятся макропрепараты почти со всеми встречающимися у человека формами опухолей, среди которых запущенные и редкие случаи патологии.

Музей патологической анатомии Казанского медицинского университета — один из уникальных музеев России: почти все препараты раритетные, коллекция собиралась около 200 лет.

В XIX и XX вв. музейное дело продолжили профессора Н.М.Любимов, Ф.Я.Чистович, И.П.Васильев, В.С.Подольский, Г.Г.Непряхин, В.А.Добрынин, Н.Ш.Шамсутдинов, Д.Э.Цыплаков.

Автор — Д.Э.Цыплаков