Образован 10 августа 1930 года. Центр – поселок городского типа Бондюжский.

До 1921 года территория относилась к Вятской губернии, с 1921 года – к Елабужскому, с 1928 года к Челнинскому кантонам ТАССР.

20 января 1931 года ликвидирован, территория отошла к Елабужскому району. Восстановлен 10 февраля 1935 года.

На 1940 год площадь Бондюжского района составляла 730 кв.км, население 40,3 тысяч человек, число сельских советов – 25, населенных пунктов – 58. В 1960 году район занимал 741,8 кв.км, в него входили 1 поселковый совет, 10 сельских советов, 59 населенных пунктов.

Упразднен 1 февраля 1963 года, территория передана в состав Елабужского района.