Открыт в 1998 г. как Российский исламский университет, с 2009 г. – современное название. Частное учреждение высшего образования, в котором обучаются студенты из многих регионов Российской Федерации и из стран СНГ. Учредители – Духовное управление мусульман РТ, Совет муфтиев РФ и Институт истории им. Ш.Марджани Академии наук РТ.

Основная задача института – формирование нового поколения мусульманской интеллигенции России, восстановление традиций просвещения, возрождение нравственности и духовности мусульманских народов. Приоритетным направлением его деятельности является подготовка всесторонне образованных и высококвалифицированных молодых специалистов, компетентных как в религиозных, так и в светских дисциплинах. Воспитательный процесс в вузе осуществляется в соответствии с нравственными идеалами, заложенными в Коране и Сунне пророка Мухаммада. Доминирующей религиозно-правовой школой, принятой в институте, является мазхаб имама Абу Ханифы. Институт активно участвует в процессе возрождения ханафитской религиозно-правовой школы ислама, традиционной для большинства мусульман Российской Федерации, сохраняя при этом уважительное отношение к остальным богословско-правовым школам.

В 2019 г. в составе института функционировали теологический факультет и 5 кафедр: исламской теологии; систематической теологии; филологии и страноведения; татарского языка и национальной культуры; журналистики; исламской экономики и управления.

Обучение студентов ведется по следующим направлениям: ислам в России; мусульманское религиозное наследие; исламская экономика и право; инновационные технологии обучения иностранным языкам и культурам; татарский язык и культура татарского народа. Религиозное образование ведется на факультете исламских наук по направлению «Подготовка служителей и религиозного персонала религиозных организаций», светское – по программам «Теология», «Лингвистика», «Экономика» и «Журналистика». Начиная с 2008 г. выпускники Российского исламского института получают дипломы государственного образца.

В 2018/2019 учебном году в институте насчитывалось 1174 студента, 85 преподавателей, в т.ч. 9 докторов и 40 кандидатов наук. В разные годы в вузе преподавали доктора наук М.И.Махмутов,  Р.М.Мухаметшин, Р.А.Набиев, Ф.Г.Ислаев, Ф.И.Харисова, Т.А.Шайхуллин. Первый выпуск из 14 студентов состоялся в 2002 г. За период существования учебного заведения подготовлено 1034 специалиста.

Институт состоит в партнерских отношениях с более чем 50 зарубежными вузами, научно-образовательными центрами и компаниями ряда стран.

В 2005 г. при вузе открыта мечеть «Энилэр», в 2010 г. – библиотека имени Хранителя двух Святынь короля Абдаллы ибн Абдель Азиза аль-Сауда, в 2013 г. – Музей истории исламского образования у татар.

Издаются научные журналы «Minbar. Islamic Studies», «Современный мусульманский мир». Регулярно проводят научно-практические конференции «Якуповские чтения» и «Саматовские чтения».

Ректоры: Г.Г.Исхаков (1998–2006 гг.), И.К.Загидуллин (2006 г.), Р.М.Мухаметшин (с 2006 г.).