Выполняют функции сохранения не только конкретных объектов, но и процессов, обеспечивающих их жизнедеятельность. Первые попытки музеефикации памятных мест в России относятся к 1920–1930-м гг.: музеи-заповедники создавались на базе национализированных усадеб, монастырей, дворцово-парковых ансамблей, имевших историческую ценность. Статус музеев-заповедников был введён в 1960-х гг.

В РТ 6 музеев-заповедников федерального и республиканского значения:

  • Билярский историко-археологический и природный музей-заповедник,
  • Болгарский историко-архитектурный музей-заповедник,
  • Елабужский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник,
  • Иски-Казанский историко-культурный и природный музей-заповедник,
  • Музей-заповедник «Ленино-Кокушкино»,
  • историко-архитектурный и художественный музей-заповедник Казанский Кремль.

Заповедные территории с музейными объектами и коллекциями в каждом из них формируются на основе целостности и неотчуждаемости историко-архитектурного, художественного, археологического и ландшафтно-природного комплекса. В РТ имеются также историко-культурные заповедные территории: «Чаллы» (см. Чаллынское городище), «Джукетау» (см. Джукетауский комплекс), историко-культурная и природная территория «Имение Ушковых» (в г.Менделеевск на базе усадьбы и парка П.К.Ушкова), национальный парк Нижняя Кама, природный заказник Долгая Поляна (см. также Особо охраняемые природные территории и акватории).

К началу 1990-х гг. музеи-заповедники представляли собой наиболее динамично развивавшуюся категорию музейных учреждений. Она характеризуется также рядом нововведений, не имеющих аналогов в музейном деле, связанных с вовлечением в сферу музейной деятельности новых элементов культурного наследия, что обеспечивает не только сохранение, но и приумножение и развитие национальной культуры, например, создание историко-культурной заповедной территории «Старотатарская слобода» (1998) и территории с особым статусом «Казанский посад» (1997) в Казани.