С 1990 г. – филиал Объединенного (ныне Национального) музея РТ, с 2007 г. – муниципальный музей.

Музей открыт в 1985 г. Расположен в доме, принадлежавшем купцу I гильдии И.Н.Бекетову (1902–1903 гг., памятник истории и архитектуры). Площадь экспозиции – 125 м2, выставочного зала – 88 м2, коллекции музея составляют около 8 тысяч единиц хранения. Экспозиция размещена в 8 залах, посвящена истории края с древнейших времен до наших дней. Основные отделы: палеонтологический, истории основания города Заинск, истории края ХХ в. Представлены палеонтологические, этнографические, нумизматические коллекции; документы, фотографии и мемориальные вещи известных заинцев.

Раздел экспозиции «Закамская сторожевая черта» раскрывает историю Заинска с середины XVII в. Среди экспонатов – макет крепости Заинск (мастер – Е.Ф.Хохлов), фотокопия «Наказной памяти» воеводе И.Л.Тургеневу, посланному царем Алексеем Михайловичем в 1675 г. в Заинск на службу; список жителей крепости по данным первой переписи (1719), состав заинского гарнизона, входившего в 1830-е гг. в Новошешминский полк, фотокопии «Журнала для дневных записок» капитана Николая Рычкова 1769–1770-х гг., «Дело капитана Мертвецова, секунд-майора Лопатина и майора Савинича», в котором содержатся следственные документы о сдаче крепости Заинск войскам Е.И.Пугачёва в январе 1774 г., и другие экспонаты.

В разделе экспозиции, посвященной истории края после 1917 г., представлены материалы о «Вилочном» мятеже 1920 г.: подлинные фотографии, документы, письма очевидцев. В этнографическом разделе экспонируются предметы быта и костюмы русских, татар, татар-кряшен, чувашей, произведения народного декоративно-прикладного искусства и художественных ремесел. В музее хранится коллекция произведений заинских художников: М.А.Голова, С.А.Цыганова, Г.Л.Уразайкина, В.В.Хрулёва, В.В.Попова и других. Среди особо ценных коллекций музея – палеонтологическая, археологическая, нумизматическая XVIII–XIX вв. В числе экспонатов: карманные часы (середина XIX в.), принадлежавшие заинскому просветителю Н.С.Гущину, боевая шашка с ножнами работы златоустовских мастеров (1896), коллекции поддужных колокольчиков конца XIX – начала ХХ вв. и советского фарфора 1930–1980-х гг.

Ежегодно проводятся Вечер встречи с бывшими воинами-афганцами (15 февраля), Международный день музеев (18 мая).