1998 елда Россия ислам университеты буларак ачыла, 2009 елдан — хәзерге исемендә.  Оештыручылары — Россия Мөфтиләр шурасы, ТР мөселманнары Диния нәзарәте, Ш.Мәрҗани исемендәге Тарих институты.

2019 елда институт составында теология факультеты һәм ислам теологиясе, филология һәм ил белеме, татар теле һәм милли мәдәният, журналистика, ислам икътисады һәм идарә итү кафедралары эшли.

Студентларны укыту түбәндәге юнәлешләр буенча алып барыла: Россиядә ислам, мөселман дини мирасы, ислам икътисады һәм хокук; чит телләр һәм мәдәниятләргә укытуның инновацион технологияләре; татар теле һәм татар халкы мәдәнияте. Дини белем бирү ислам фәннәре факультетында «дини оешмалар хезмәткәрләрен һәм дини персоналын әзерләү» юнәлеше, дөньяви белем бирү «теология», «лингвистика», «икътисад» һәм «журналистика» программалары буенча алып бара. 2008 елдан Россия Ислам институтын тәмамлаучылар дәүләт үрнәгендәге дипломнар ала.

2018/2019 уку елында институтта 1174 студент, 85 укытучы, шул исәптән 9 фән докторы һәм 40 фән кандидаты исәпләнә. Төрле елларда вузда фән докторлары М.И. Мәхмүтов, Р.М.Мөхәммәтшин, Р.А.Нәбиев, Ф.Г.Ислаев, Ф.И.Харисова, Т.А.Шәйхуллин укыталар. Беренче 14 студент институтны 2002 елда тәмамлый, уку йорты эшләгән чорда 1034 белгеч әзерләнә.

Институт 50 дән артык чит ил югары уку йортлары, фәнни-белем бирү үзәкләре һәм берничә ил компанияләре белән хезмәттәшлек итә.

2005 елда вуз каршында «Әниләр» мәчете, 2010 елда – патшаның ике изге урынын саклаучы Абдалла ибн Абдел Азиз Әл-Сауд исемендәге китапханә, 2013 елда – Ислам мәгарифе тарихы музее ачыла.

«Minbar. Islamic Studies», «Современный мусульманский мир» журналлары чыгарыла. «Якупов укулары» һәм «Саматов укулары» фәнни-гамәли конференцияләре даими үткәрелә.

Ректорлары: Г.Г.Исхаков (1998–2006), И.К.Заһидуллин (2006), Р.М.Мөхәммәтшин (2006 елдан).