Музей статусын 1945 елда табигать фәннәре тарихы һәм зоотомик коллекцияләр кабинетларын берләштерү нәтиҗәсендә ала. 2004 елдан Э.А.Эверсман исемендә. Төп бинаның көнчыгыш ягындагы 8 залны били. Ике бүлектән тора: умырткалы (5 меңләп берәмлек) һәм умырткасыз (43,5 меңләп берәмлек) хайваннар. Экспозиция структурасы таксономик билгеләре буенча төзелгән (умырткалылар өчен – семьялык, ассемьялык; умырткасызлар өчен, башлыча, отрядлар дәрәҗәсендә).

Зоология музееның барлыкка килү тарихы 1798 дә император Павел I фәрманы нәтиҗәсендә Казанның Беренче ир балалар гимназиясе тапшырган коллекцияләрдән башлана. 1819 да 133 берәмлек имезүчеләр, кошлар, сөйрәлүче хайваннар, буынтыгаяклылар һәм суалчаннар исәпләнә. Соңрак К.Ф.Фукс Ф.К.Броннерның 578 кабырчыктан торган конхиологик тупланмасын сатып ала; шуларга Э.И.Эйхвальдның Арал-Каспий экспедициясе вакытында җыйган зоология һәм палеонтология коллекцияләре өстәлә. 1828-60 та музей үсешендә Э.А.Эверсман эшчәнлеге мөһим роль уйный, ул эшләгән елларда зоология коллекцияләре системалаштырылган тупланма рәвешен ала; шәхси коллекционерлардан һәм Германиядән, бигрәк тә Гамбургтагы сәүдә фирмасы хуҗасы Брандтан сатып алынган кыйммәтле экспонатлар белән шактый тулыландырыла. 1844 нең 1 гыйнварына музейда 5735 әйбер исәпләнә, аннан соңгы 10 ел эчендә тагын 400 гә якын экспонат, шул исәптән 57 берәмлек имезүче хайваннар һәм 208 берәмлек кошлар коллекциясе өстәлә.

Моннан соңгы елларда кабинет белән Н.П.Вагнер (1860-71), Н.М.Мельников (1871-97) җитәкчелек итә. Соңгысы вакытында атаклы химик А.М.Бутлеров тәңкә канатлылар коллекциясен (1138 төр) бүләк итә, 157 берәмлек диңгез хайваннары (башлыча, умырткасызлар) коллекциясе сатып алына. 1890-97 дә Казан губернасыннан 978 берәмлектән торган кошлар коллекциясе җыела (М.Д.Рузский, И.Н.Стрельников, С.О.Билькевич).

20 йөз башында А.А.Остроумов җитәкчелегендә беренче тапкыр кошларның (С.Д.Лавров, 1907, 1911), балыкларның (В.И.Мейснер, 1907) системалы каталоглары төзелә. Чагыштырма анатомия укытыла башлау белән 1843 тә П.И.Вагнер җитәкчелегендә зоотомия кабинеты төзелә (соңрак Н.П.Вагнер һәм В.В.Заленский җитәкли). 1850 гә анда умырткалылар буенча – 818, умырткасыз хайваннар буенча 100 остеология, спланхнология, антология һәм неврология препаратлары исәпләнә. 1883-1900 дә кабинетның коллекциясе М.М.Усов җыйган бай материал белән тулыландырыла.

1906-07 дә университетның төп бинасын үзгәртеп кору вакытында залларны төзекләндерүдә һәм аннан соң зоотомия кабинетын җиһазландыруда Э.А.Мейер һәм Н.А.Ливанов актив катнашалар. Соңгысының инициативасы белән 1945 тә зоология музее барлыкка килә.

Музей төзелешендә аның мөдирләре Г.П.Приезжев (1950-60), А.В.Попов (1960-91), таксидермистлар П.Романов, Э.Д.Пельцам, Я.П.Коксин, Е.В.Прохоров зур өлеш кертәләр. Зоология музееның фәнни һәм мәдәни әһәмияткә ия коллекцияләре хайваннар дөньясының күптөрлелеген (иң түбән төзелешле бер күзәнәклеләрдән алып приматларга кадәр) тулы итеп күз алдына китерергә мөмкинлек бирә.

Материалларының байлыгы буенча музей РФдәге тармак музейлары арасында алдынгы урыннарның берсен алып тора. Анда барлык континентлар фаунасының Кызыл китапларга кертелгән дөньякүләм әһәмиятле эндемик һәм реликт төрләре тупланган: элеккеге СССР территориясендәге парнассиусларның уникаль коллекциясе, император җилкәнканаты, голиафлар, геркулеслар (аеруча эре коңгызлар), Мәдинә кысласыманнары, Тын океандагы Хуан-де-Фука сыртыннан китерелгән вестиментифера, оча торган кәлтә (Ява утравыннан), гаттерия, игуаналар, Малайя чукырчасы, кызыл бүксәле казарка, кара гриф, стерх, зәңгәр бугазлы попугай, киви, ехидна, үрдәкборын, җофарлар, кар барсы һәм башкалар тупланган.

150 еллар элек юкка чыккан (дөньяда 10 лап кына карачкы-экспонат сакланган) тау зебрасы (Equus quagga) – зоология музееның горурлыгы булып тора.

Музейның тарихи әһәмияте зур; монда мәшһүр галимнәр эшләгән, экспонатлар коллекциясе препаратлау сәнгатенең, таксидермиянең барлыкка килүен һәм үсешен тасвирлый.