Открыта в 1920 г. как Казанский клинический институт Наркомата здравоохранения ТАССР (инициаторы создания – В.И.Иорданский, Р.А.Лурия), с 1925 г. – Государственный институт для усовершенствования врачей им. В.И.Ленина, с 1995 г. – современное название.

В 1920–1930-е гг. в институте были сформированы клиники: внутренних болезней с рентгеновским кабинетом и центральной клинической лабораторией, нервных болезней, ортопедии и травматологии, кожных и венерических болезней, акушерства и женских болезней, ЛОР-болезней, хирургическая, глазных болезней, неотложной и военно-полевой хирургии, физических методов лечения с отделениями водогрязелечения, кабинетами электросветолечения, детских болезней; кафедры: оперативной хирургии с топографической анатомией, патологии, бактериологии, инфекционных болезней, объединенная кафедра социальной и экспериментальной гигиены, рентгенологии, туберкулеза, а также Трахоматозный институт им. Е.В.Адамюка, лаборатория клинической электрофизиологии. В институте велась работа по усовершенствованию и специализации военных врачей, ординаторов, участковых врачей, врачей-экстернов и врачей узких специальностей.

В период Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. в клиниках института были развернуты эвакуационные госпитали. Для работы в военно-медицинских учреждениях в армию были призваны 267 сотрудников института (Л.М.Рахлин, Н.Н.Спасский, М.И.Мастбаум, В.А.Гусынин, Л.И.Шулутко, Ю.А.Ратнер, М.Х.Файзуллин, В.Н.Помосов и др.); более 160 были награждены орденами и медалями.

В научных исследованиях послевоенных лет сформировались новые направления, в т.ч. долечивание инвалидов, ликвидация санитарных последствий войны. В 1960–1980-е гг. научная и медицинская практика получила новое развитие: в лечении больных применялись современные лекарственные препараты, были освоены новые технологии в разработке и создании медицинской аппаратуры, организованы новые клинические кафедры, введены дополнительные учебные циклы усовершенствования и специализации врачей, более чем в два раза увеличилось общее количество обучаемых врачей.

Деятельное участие в становлении и развитии института, а также в формировании крупных научных направлений приняли видные ученые: А.Г.Агабабов, А.Ф.Агафонов, В.Е.Адамюк, В.М.Аристовский, П.Н.Бадюл, В.Л.Боголюбов, К.Г.Боль, И.П.Васильев, А.В.Вишневский, Н.К.Горяев, В.С.Груздев, В.А.Гусынин, М.А.Дыхно, С.С.Зимницкий, И.Ф.Козлов, Р.И.Лепская, Е.М.Лепский, Р.А.Лурия, М.И.Мастбаум, А.Н.Мурзин, Я.Д.Печников, М.С.Пильнов, Ю.А.Ратнер, Л.М.Рахлин, И.И.Русецкий, А.Ф.Самойлов, Н.Е.Сидоров, А.И.Тимофеев, В.К.Трутнев, М.П.Тушнов, А.В.Фаворский, М.Х.Файзуллин, М.О.Фридланд, В.В.Чирковский, Т.Д.Эпштейн, Т.И.Юдин и др.

В 2019 г. академии работали 3 факультета (терапевтический, хирургический, медико-профилактический, в составе которых 37 кафедр), центральная научно-исследовательская лаборатория, 79 клинических баз.

В 2018/2019 учебном году в академии насчитывалось более 350 преподавателей, в т.ч. 90 докторов и 234 кандидата наук. Более 30 ведущих специалистов учреждения являлись главными внештатными специалистами Министерств здравоохранения РФ и РТ.

В академии ежегодно проходят обучение свыше 10 тысяч российских врачей по всем специальностям терапевтического, хирургического, стоматологического и медико-профилактического профилей; ежегодно в ординатуре и аспирантуре обучаются свыше 300 специалистов. Кроме того, преподавателями вуза проводится лечебно-консультативная работа в 20 специализированных межрегиональных и республиканских медицинских центрах. Ежегодно в 79 медицинских организациях РТ ими выполняются более 15 тыс. операций, свыше 10 тыс. лабораторно-инструментальных исследований, а также ведется научно-исследовательская работа. Большой вклад в отечественную медицину внесли выпускники и сотрудники академии: Л.С.Персианинов (академик АМН СССР), М.И.Аксянцев, Ф.Х.Басыр, И.В.Данилов, П.А.Дезидерьев, М.Н.Лукьянчиков, Р.М.Мамиш, М.З.Сигал, Н.В.Соколов и др. Государственными премиями РФ и РТ отмечены работы сотрудников академии: Р.Ш.Хасанова, И.Р.Аглуллина, Г.А.Иваничева, А.Р.Гайнутдинова, М.К.Михайлова, Ф.И.Девликамовой, Е.А.Морозовой, В.П.Потанина и др.

Директора, ректоры: Р.А.Лурия (1920–1930 гг.), М.И.Аксянцев (1930–1932, 1933–1937 гг.), А.Я.Плещицер (1932–1933 гг.), Б.С.Гинсбург (1937–1939 гг.), Д.Е.Потехин (1939–1942, 1944–1951 гг.), И.Ф.Козлов (1942–1944 гг.), Г.И.Мухамедьяров (1951–1952 гг.), И.В.Данилов (1952–1962 гг.), Х.З.Ахунзянов (1962–1968 гг.), И.М.Рахматуллин (1968–1978 гг.), М.Ш.Билялов (1978–1980 гг.), М.К.Михайлов (1980–2007 гг.), К.Ш.Зыятдинов (2007–2015 гг.), Р.Ш.Хасанов (с 2015 г.).